Corruption du nom d'Aubert, abbé de Sainte-Geneviève, qui avait permis d'y construire des étaux de boucherie au XII{{e}} siècle.
L'ancienne [[rue du Haut Pavé|rue Pavée]] ou rue du Pavé de la place Maubert, appelée aussi [[rue d'Amboise (5e)|rue d'Amboise]], qui commençait [[rue de la Bûcherie]] et finissait [[rue Galande]], est réunie à la place Maubert de 1806 à 1912, elle a été dénommée rue Frédéric Sauton en 1912.
Cette voie est présente sur les [[plans de Paris en 1760 et 1771]], elle est également citée dans [[le Dit des rues de Paris]].