L'hôpital possédera plusieurs cimetières suivant les époques, le [[cimetière Saint-Germain]], attesté depuis le XIII{{e}}, à l'angle de la [[Rue Taranne|rue Taranne]] et de la rue des Saints Pères, attribué à l'hôpital à partir de 17091609, et, le [[cimetière des Saints-Pères]] de la rue des Saints Pères, qui devient un second cimetière de l'hôpital de la Charité sous le nom de [[cimetière de la Charité]] à partir de 1685.