Il est fondé par Étienne de Lexington, abbé de Clairvaux, et construit à partir de 1248.
Ce couvent est présent sur les [[plans de Paris en 1760 et 1771]]. C'est sur les terrains de ce couvent qu'est installé en 1774 le troisième [[marché aux veaux de Paris]]. Dans l'enclos des Bernardins est également construit l'hôtel qui hébergera le [[couvent des Miramiones]].
En 1790, le collège devient bien national. L'église, abandonnée et devenue carrière de pierres, est détruite par le tracé de la [[rue de Pontoise]] puis rasée lors du percement du [[boulevard Saint-Germain]].